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通常凈化公司在進行潔凈車間設計時首要考慮的有兩大要素，即：建筑原有結構體系、未來生產的特殊性。
一、建筑原有結構體系
如果涉及到GMP車間布置，那么首先要考慮的就是建筑原有結構體系，如是磚墻結構還是鋼筋混凝土結構，是單層、低層還是高層，以及承重墻位置等，這里會以醫藥針劑生產、固體制劑生產這2個案例予以說明。
1.醫藥針劑生產：在這類工廠裝修的GMP車間布置上，由于其主要生產設備均用生產聯動線，所以對廠房的長度與寬度有著嚴格要求，鋼筋混凝土結構的廠房就不太適用，以磚墻結構為佳。
2.固體制劑生產：在這類工廠裝修的GMP車間布置上，由于其各生產單元步驟相對獨立，所以建議利用廠房原有分隔布置，但前提條件是結合設備情況，事先安排好設備的進場安裝及維修路線。
二、未來生產的特殊性
具體來說需要考慮3點，即：甲類生產、控制防爆、物料進出。
1.甲類生產：必須設立專門的生產區，防爆墻、防爆門斗要與其他區域隔開。
2.控制防爆：GMP車間的防爆措施必須滿足《建筑防火設計規范》(2002版)第3.1.1條中的注釋。具體來說當廠房內有不同性質生產時，要按火災危險性較大的部分來確定分類。如果火災不足以蔓延到其他區域，要按火災危險性較小的部分來確定分類。
3.物料進出：這里以制劑類GMP車間為例，建議使用小包裝溶劑，然后通過“物凈”程序送入生產區稱配，余料返回庫房，這樣就能減少由此衍生的種種問題。
此外，潔凈廠房建筑和工藝平面布置都有明確的規范。
1.潔凈廠房建筑
① 主體結構應采用大空間及大跨度柱網，不宜采用內墻承重體系。
② 廠房的圍護結構宜選用保溫隔熱、防火防潮、少產塵的材料。
③ 廠房主體結構的耐久性應與室內裝備和裝修水平相協調；廠房變形縫不宜穿越潔凈區。
④ 送、回風管和其他管道暗敷時，應設置技術夾層、技術夾道、地溝等；穿越樓層的豎向管線需要暗敷時，宜設置技術豎井，其形式、尺寸和構造應符合風道、管線的安裝、檢修、防火要求。
2. 潔凈廠房的工藝平面布置
① 凈室（區）內只布置必要的工藝設備，以及有空氣潔凈度等級要求的工序和工作室。
② 有空氣潔凈度要求的潔凈室（區）應靠近空氣調節機房；空氣潔凈度要求嚴格的工序應布置在上風側；易產生污染的工藝設備應布置在靠近回風口位置。
③ 充分考慮大型設備的安裝運維路線，預設安裝口和檢修口。
④ 設置氣閘室、傳遞窗；單獨的物料入口。
⑤ 車間內各項固定技術設施（送風口、照明器、回風口、管線等）的布置應優先考慮凈化空調系統的要求。